• 模拟微生物种群的16S rRNA基因测序- DNA提取方法、引物选择和测序平台的影响

      菲奥娜Fouhy;克鲁尼,亚当G;斯坦顿,凯瑟琳;,前景并不乐观马库斯·j·;销,保罗d;欧盟(eu);爱尔兰科学基金会;603038;SFI / 12 / RC / 2273;SFI / 11 /π/ 1137生物医学中心24/06/2016
      下一代测序平台已经彻底改变了我们研究复杂环境微生物群组成的能力,通常是通过对群落细菌组成的16S rRNA基因测序。DNA提取方法、引物序列、测序平台等多种因素都会影响结果的准确性。本研究的目的是利用模拟群落和模拟群落DNA,确定这三个因素对16S rRNA基因测序结果的影响。结果不同引物序列(V4-V5、V1-V2和V1-V2简并引物)检测的属和种存在差异。V4-V5引物在不同平台上的结果最相似。Ion PGM引物组比MiSeq引物组检测到更多的20个模拟群落物种。两种提取方法提取的DNA数据非常相似。结论不同引物和不同测序平台的菌群组成数据不同。研究结果证明了比较使用不同测序方法生成的数据的风险,并强调了在需要跨多个测序运行比较的情况下选择标准化测序方法的优点。
    • 2003年共同农业政策改革:脱钩支付会影响农业生产吗?

      Howley,彼得;凯文•汉拉罕;唐纳兰特雷弗提加克,橡树公园,卡洛,爱尔兰2009
      从耦合支付政策工具到与生产脱钩的支付,使得估计农业产出的未来趋势更具挑战性。本文的总体目的是利用一个动态的多产品部分均衡模型,考察脱钩支付的潜在供给诱导效应。这一问题在世贸组织谈判的背景下,特别是在围绕将脱钩支付作为“绿箱”政策是否适当的讨论中是很重要的。结果表明,在很大程度上,农场经营者并没有将这些支付视为完全脱钩的,事实上,他们对农业生产保持了强大的供给诱导效应。然而,研究结果表明,这种贸易扭曲效应小于以前的耦合支付。
    • 与对照组相比,囊性纤维化(CF)稳定患者肠道菌群的改变及其与静脉抗生素使用和肺功能的关系

      伯克,D.G.;菲奥娜Fouhy;玛丽,意图;哈里森,M.J.;斯坦顿,凯瑟琳;奥沙利文,欧尔;墨菲,d . m .;奥卡拉汉,g p;尤斯塔斯,j . a;沙纳罕,f; et al.爱思唯尔2015-06-05
      目的与健康对照相比,CF与消化功能改变有关,因此除了肠道菌群改变外,还与肠道微生物的营养可用性改变有关。同样密集的抗生素和营养疗法可能会进一步加剧这种情况。我们提出了迄今为止最大的CF肠道菌群研究的结果。
    • 583在爱尔兰奶农中促进安全和健康的循证社会学习

      奥康纳、T;梅雷迪思,D;J•金塞拉;麦克纳马拉JBMJ杂志2018-04-24
      农业是一个职业性伤害和疾病,包括死亡的高发生率的职业。在国际上,改善农业职业安全和健康做法的立法方法在实现这些目标方面一直不一致。已经制定了许多影响农业职业安全和健康做法的替代举措,经常强调提供信息。在爱尔兰,对信息提供方法(如基于课堂的学习)的评估发现,这对改善农业职业安全和健康做法无效。然而,利用实践社区(cop)进行的同伴学习,如Teagasc奶农讨论小组,为爱尔兰农业职业健康促进提供了一个很有前途的环境。研究已经证实了农民讨论小组在促进采用新技术和生产方法方面的功效。很少有研究评估它们是否有效地促进了农业职安健实践。本文描述了Teagasc乳业讨论小组参与农业职安健的程度,并确定了与农业职安健参与相关的特征。研究结果与现有的关于农业和职业健康促进的有效社会学习的文献进行了评估,以评估这些cop在农业职业健康促进方面的适用性。方法通过对Teagasc乳业讨论小组成员的调查和对Teagasc乳业讨论小组主持人的调查,收集关于讨论小组特征和参与职业安全和健康主题的信息。 The statistical software R was used to assess variation in discussion group engagement with OSH, and the group characteristics statistically associated with that variation. Result Analysis of the results is ongoing and will be completed in September 2017. Discussion The findings of this study, including the evaluation framework developed from literature review, can contribute to effective agricultural OSH promotion in Ireland, and internationally. This is especially true for other countries with existing farmer COPs, such as farmer discussion groups in New Zealand and Wales.
    • SWAT、HSPF和SHETRAN/GOPC模拟爱尔兰三个集水区的磷出口的比较

      Nasr艾哈迈德Elssidig;Bruen迈克尔;约旦,菲利普;理查德·摩尔;杰拉德•吉利;伯恩,保罗;环境保护署;Teagasc;Teagasc爱思唯尔02/07/2012
      最近在爱尔兰进行的广泛水质调查显示,源自农业土地并通过径流和地下水流输送的扩散性磷污染是地表水质量恶化的主要原因。从陆地到水的磷运输可以用数学模型来描述,这些数学模型在建模方法、复杂性和规模(地块、田地和集水区)方面各不相同。在这里,我们在三个爱尔兰集水区测试了三个扩散磷污染数学模型(SWAT、HSPF和SHETRAN/GOPC),以探索它们在爱尔兰条件下的适用性,以便未来在实施欧洲水框架指令时使用。在校准模型后,比较和评估了它们的日流量和总磷(TP)出口。HSPF模型对平均日流量的模拟效果最好,SWAT模型对日TP负荷的校正效果最好。将三种模型和两种经验模型的年度TP出口与实测数据进行比较。没有一个单一的模型能够始终更好地估计所有三个流域的TP年出口量。
    • 单核增生李斯特菌在蘑菇生产环境相关表面形成生物膜的能力

      Dygico,莱昂内尔·肯尼斯;Gahan,曾画过Cormac通用;甘,海伦;伯吉斯,凯瑟琳;农业、食品和海洋部;vwin彩票app14 f881爱思唯尔2020-03-16
      由于单核增生李斯特菌无处不在,它对包括蘑菇在内的所有新鲜水果和蔬菜都是一种威胁,蘑菇是爱尔兰最大的园艺作物。尽管新鲜培育的蘑菇(双孢蘑菇)以前没有与李斯特菌病暴发联系起来,但这种病原体仍然对该行业构成威胁,特别是由于它能够形成生物膜。单增乳杆菌污染引起的蘑菇产品多次召回以及先前的研究表明单增乳杆菌存在于蘑菇生产环境中,突显了这一威胁。本研究在与蘑菇生产相关的材料和温度条件下,对从蘑菇生产环境中分离出来的单核增生乳杆菌的生物膜形成潜力进行了研究。利用聚苯乙烯微滴定板上的结晶紫法对73株蘑菇工业分离菌的生物膜形成进行了初步评估。然后在12种不同的材料上评估这些菌株的一个子集(n = 7)的生物膜形成,包括使用CDC生物膜反应器在蘑菇生产环境中常见的具有代表性的材料。采用垂直扫描干涉法测定所选材料的表面粗糙度。使用CDC生物膜反应器测试的所有菌株都能够在不同的测试表面形成生物膜,但发现材料类型是形成生物膜水平的关键决定因素。不锈钢,铝,橡胶,聚丙烯和聚碳酸酯都能支持生物膜水平在4-4.9 log10 CFU/cm2范围内,对七种不同的单核增生乳杆菌菌株。蘑菇行业专用材料,包括种植网和防水布,被发现支持的生物膜水平在4.7到6.7 log10 CFU/cm2之间。 Concrete was found to be of concern as it supported 7.7 log10 CFU/cm2 of biofilm for the same strains; however, sealing the concrete resulted in an approximately 2-log reduction in biofilm levels. The surface roughness of the materials varied greatly between the materials (0.7–3.5 log10 Ra) and was found to have a positive correlation with biofilm formation (rs = 0.573) although marginally significant (P = 0.051). The results of this study indicate that L. monocytogenes can readily form biofilms on mushroom industry relevant surfaces, and additionally identifies surfaces of specific concern, where rigorous cleaning and disinfection is required.
    • 土壤持久性大肠杆菌中Curli的缺失是由C-di-GMP信号缺陷介导的,这表明了生物膜独立的生态位专业化的证据

      Somorin Yinka M;Vollmerhausen塔拉;水域,尼古拉斯;普里查德,雷顿;亚伯兰,佛罗伦萨;布伦南,菲奥娜p;奥,康纳;托马斯·克劳福德·海耶斯研究奖;NUI戈尔韦科学学院前沿2018-06-22
      大肠杆菌通常被视为胃肠道共生菌或病原体,尽管越来越多的证据表明,它也可以在非宿主环境中持续存在。卷毛菌是包括大肠杆菌在内的许多肠道细菌生物膜的主要成分,对粘附在不同生物和非生物表面很重要。在这项研究中,我们调查了一个独特的土壤持久性大肠杆菌分离株的卷曲生产,并检查了卷曲形成在环境持久性中的作用。尽管大多数土壤持久性大肠杆菌是咖喱阳性,但10%的菌株是咖喱阴性(170个菌株中有17个)。产咖喱大肠杆菌(COB583、COB585和BW25113)对石英砂的依附程度明显高于阴性菌株。长期土壤生存实验表明,在活土壤中长期生存(超过110天)不需要产生卷毛杆菌,因为与野生型BW25113相比,卷毛杆菌阴性突变体BW25113ΔcsgB的存活率相似。与c-di-GMP代谢相关的两个基因dgcE和pdeR的突变与8个土壤持久性菌株的卷毛菌损失相关,尽管与卷毛菌阳性菌株相比,这并没有显著损害它们在土壤中的生存。总的来说,这些数据表明,缺乏辣椒素和生物膜缺陷的菌株(在石英砂上也有附着缺陷)能够在土壤中长期存在,从而指出了土壤中可能存在的生态位,可以支持独立于生物膜形成的长期生存。
    • 在科克大学学院举行的第33届食品科学与技术研究会议上发表的论文摘要vwin彩票app

      主持人、会议;汉拉罕,j . P。Teagasc(农业和粮食发展局),爱尔兰vwin彩票app2004
    • 从替代牛奶记录方案预测产奶量的准确性

      浆果,Donagh;Olori诉大肠;Cromie, a。r .;Veerkamp Roel f;早期,麦尔斯V;狄龙,帕特;Teagasc Walsh奖学金项目剑桥大学出版社2005 - 02年
      研究了减少官方牛奶记录的频率和每个测试日记录的样品数量对预测日产量和累积305天产量的准确性的影响。采用由58 210头初产奶牛组成的控制数据集,每隔4周记录一次奶量,研究减少奶量记录频率的影响。利用来自683头奶牛的41 874个测试日记录,研究了每个测试日一个牛奶样本预测日产量的准确性。结果表明,5个或更多的测试日记录在8周间隔(A8)预测305天的产量具有很高的准确性。牛奶、脂肪和蛋白质4周记录间隔(A4)与8周记录间隔预测305天产量之间的相关性分别为0.99、0.98和0.98。与A4方案相比,通过A8方案估算305天产奶量的平均误差为6.8 kg (s.d 191 kg),脂肪产量为0.3 kg (s.d 10 kg),蛋白质产量为- 0.3 kg (s.d 7 kg)。在早上(AM)或晚上(PM)挤奶期间所取的产奶量和成分预测24小时产量具有很高的准确性。每4周交替进行AM和PM采样,预测305天产量的准确性高于全部AM或全部PM采样。与正式的AM + PM每4周记录一次相比,交替AM-PM每4周记录一次和AM + PM每8周记录一次在预测305天产量方面产生了非常相似的准确性。
    • 干湿条件下树木和硬木木材声学测量的差异

      Llana,丹尼尔·f·;短,伊恩,哈特,a . m .;农业、食品和海洋部;vwin彩票app15 - c - 666美国农业部2019 - 09
      使用飞行时间(TOF)装置在站立树木上测量的声波速度发现,软木的声波速度比基于纵向频率的共振技术在原木上测量的声波速度高7%到36%。这种效应可以从三个方面解释:(1)站立树木上的TOF装置测量的是包含更成熟木材的外层木材,而共振方法则评估整个横截面;(2)速度的变化是由于站立树木上的加载条件,而原木是无加载的;(3)站立树木上的TOF测量声波是膨胀波,而原木上的共振声波是一维纵波。这是一个重要的课题,考虑到共振方法被认为是预测力学性能更准确的事实,有人建议在TOF测量中应用修正因子。在目前的工作中,研究了四种来自爱尔兰森林的硬木,平均而言,在森林中测量的纤维饱和点(FSP)以上的TOF速度比砍伐后立即在原木上测量的共振速度高19.8%。然而,当在实验室中重复测量约18%的水分含量(MC)时,这一差异减少到5.4%。因此,速度差存在MC效应。此外,在潮湿条件下较老的标本中系统地发现了更高的差异。然而,这种年龄效应在大多数情况下是很小的。
    • 马铃薯制品中丙烯酰胺的形成

      勃氏,奈杰尔;葛姆雷,罗南·t·;巴特勒,弗朗西斯;康明斯,恩达;Danaher,马丁;迈克尔·奥基夫Teagasc2006 - 08年
      丙烯酰胺是一种被列为潜在致癌物的物质,它存在于加热的淀粉类食物中,其浓度是饮用水中允许含量的许多倍。vwin彩票app早期的调查表明,土豆制品如炸薯条和薯片中的丙烯酰胺含量是被调查食品中最高的。vwin彩票app本项目通过测定生土豆中丙烯酰胺前体(天冬酰胺和还原糖)的含量,以及(i)不同储存方式的土豆产品中丙烯酰胺的含量,(ii)从当地超市购买的现场抽样土豆,(iii)经过预处理并在不同温度下油炸的样品,(iv)在不同烤箱中重新加热的炸薯条。还对爱尔兰不同人群从马铃薯产品中估计摄入丙烯酰胺的风险进行了评估。
    • 放线菌产生具有高度简并结构和广泛抗菌活性的类防御素细菌素(Actifensins)

      Sugrue,伊万;葆拉·m·奥康纳;山,科林;斯坦顿,凯瑟琳;罗斯,r .保罗;Teagasc Walsh研究金项目;JPI;爱尔兰科学基金会;SFI / 12 / RC / 2273美国微生物学会2020-01-29
      我们发现了一株瘤胃放线菌,它能产生一种强大的细菌素,对广泛的革兰氏阳性细菌具有活性,其中许多革兰氏阳性细菌对动物和人类具有致病性。vwin德赢线上娱乐细菌素经纯化后质量为4091±1 Da,序列为GFGCNLITSNPYQCSNHCKSVGYRGGYCKLRTVCTCY,包含三个二硫键桥。令人惊讶的是,actifensin的近亲被发现是一系列相关的真核防御素,其与细菌素的同源性超过50%。泛基因组筛选进一步揭示,生产actifenin相关的细菌素是该属的一个共同特征,有47个编码在161个基因组中。此外,这些细菌素表现出了显著的多样性水平,菌株/种之间的平均氨基酸同一性仅为52%。这种冗余程度表明,这类新的细菌素可能提供一个非常广泛的结构基础,在此基础上提供和设计新的广谱抗菌素,用于治疗动物和人类感染。鉴于全球抗生素耐药性的挑战,细菌素(核糖体产生的抗菌肽)是目前抗菌素的潜在替代品。我们从瘤胃放线菌(raditinomyces ruminicola)中鉴定出一种新的细菌素,该细菌素以前没有抗菌活性特征。利用公开的基因组数据,我们在放线菌属中发现了一个高度保守但此前未识别的同源肽序列家族,与真核防御素具有惊人的相似性。这些actifins可能提供抗微生物防御/进攻的强有力的防线,并且考虑到它们结构中自然存在的简并性,生产它们的机器可以用于设计新的抗微生物药物。
    • 增加牛肉前躯肌肉的价值

      肯尼,托尼;列侬,安;病房里,帕特里克;沙利文,保罗;麦当劳,卡尔;艾琳奥尼尔;唐尼,杰拉德Teagasc01/11/2008
      牛的前半部分占牛尸体重量的50%,但只占其价值的25%。为了完成这个项目的目标,工作分为以下四个部分:Characterisation of the available raw material, in terms of properties of individual muscles seamed out from carcasses of representative types of animals produced in Ireland. 2.Comparison of yields and operator time for seaming and conventional boning. 3.Utilisation of separated muscles in added-value products using appropriate tenderising, bonding and forming technology. 4.Transfer of the knowledge and technology to the industry.
    • 增加牛肉前躯肌肉的价值

      肯尼,托尼;列侬,安;病房里,帕特里克;沙利文,保罗;麦当劳,卡尔;唐尼,杰拉德;奥尼尔,艾琳Teagasc2008 - 11
      牛的前半部分占牛尸体重量的50%,但只占其价值的25%。为了完成这个项目的目标,工作分为以下四个部分:Characterisation of the available raw material, in terms of properties of individual muscles seamed out from carcasses of representative types of animals produced in Ireland. 2.Comparison of yields and operator time for seaming and conventional boning. 3.Utilisation of separated muscles in added-value products using appropriate tenderising, bonding and forming technology. 4.Transfer of the knowledge and technology to the industry.
    • 宰杀牛肉增加价值

      马路,迈克尔;Minchin,威廉;巴克利,弗兰克;肯尼,David a .;Shalloo,劳伦斯Teagasc01/08/2009
      该项目探讨了提高扑杀牛肉价值的前景,并审查了若干不同管理和饮食策略的潜力。在爱尔兰,全国奶牛群每年为牛肉总产量贡献35万头牛,占所有被屠宰牛的22% (DAF, 2007年)。vwin德赢线上娱乐爱尔兰牛肉生产的一个主要特点是处理来自乳制品和牛肉行业的奶牛,一年中扑杀发生的时间影响到可供屠宰的奶牛数量。奶牛是否适合屠宰通常不是奶农或肉农考虑的因素。
    • 增加食物链信息的价值:利用猪福利vwin彩票app和农场抗菌药物使用的数据来预测肉类检验结果

      萨姆,琼娜;康纳McAloon;玛丽亚·罗德里格斯·达·科斯塔;加西亚小苹果,埃德加;诺顿,托马斯;博伊尔,劳拉;Teagasc Walsh奖学金项目;肉类产业爱尔兰生物医学中心2021-10-14
      利用食物链信息数据客观地识别进入屠vwin彩票app宰场的高危动物是朝着改善农场动物福利迈出的重要一步。vwin德赢线上娱乐我们的目标是开发和评估分类模型的性能,使用梯度促进机算法,利用猪健康和福利的准确纵向农场数据,预测死亡,拔损和屠宰时低冷胴体重量。结果采用受试者工作特征曲线(ROC)下面积(AUC)评价模型的准确性。肺炎、背侧胸膜炎、头胸膜炎、心包炎、部分和全部坏死以及低冷胴体重预测模型的AUC分别为肺炎和低冷胴体重的0.54和0.67。对于背侧胸膜炎,对12周龄猪的耳损伤评估和抗菌治疗(AMT)是最重要的预测变量。同样,预测颅胸膜炎最重要的变量是AMT的数量。在心包炎的病例中,第12周和第14周评估的耳部病变是最重要的变量,占伯努利损失减少的33%。对于预测部分和全部坏死,第18周出现疝气和第12周跛行分别占伯努利损失减少的27%和14%。最后,AMT(37%)和第12周评估的耳损伤(15%)是预测低冷胴体重的最重要变量。我们的研究结果表明,农场对动物福利结果的评估和关于抗菌治疗的信息对评估的不同肉类检查结果具有适度的预测能力。 New research following the same group of pigs longitudinally from a larger number of farms supplying different slaughterhouses is required to confirm that on farm assessments can add value to Food Chain Information reports.
    • 通过增加牛奶中的蛋白质和CLA含量来增加牛奶的价值

      墨菲,J.J.;斯坦顿,凯瑟琳;马路,迈克尔;卡文纳,美国;马赫,j .;巴顿,乔;穆罕默德,RiazTeagasc01/08/2008
      2005年,在34个商业奶牛场进行了仲夏牛奶蛋白研究,以评估膳食和管理变量对仲夏牛奶蛋白含量的影响。采集牧草成分、畜群遗传性状、乳蛋白含量等数据,采用多元回归分析。产犊日和乳蛋白含量遗传价值均与乳蛋白含量显著相关,可作为评价牧草品质指标与乳蛋白含量相关性的调节因子。牛奶蛋白质含量与牧草OMD (P = 0.04)和NDF含量(P = 0.02)相关,与CP含量无相关性(P = 0.80)。由此可见,产犊早、乳蛋白遗传价值高、食用品质较好的牧草的畜群在产犊中期乳蛋白含量较高。
    • 通过增加牛奶中的蛋白质和CLA含量来增加牛奶的价值。

      墨菲,J.J.;斯坦顿,凯瑟琳;马路,迈克尔;卡文纳,美国;马赫,j .;巴顿,乔;穆罕默德,RiazTeagasc2008-08-01
      在这个项目中进行了五项实验;其中1个与仲夏乳蛋白有关,4个与乳中CLA含量有关。因此,本项目的两个主要目标是确定与仲夏牛奶蛋白浓度相关的因素,并研究潜在的进一步策略,以提高牧场生产的牛奶中的CLA含量。
    • 为利用不足的鱼类品种增加价值

      费根,约翰;葛姆雷,罗南·t·;米切尔,米歇尔;唐尼,杰拉德;国家发展计划(NDP)Teagasc01/02/2006
      鱼类配额收紧和传统鱼类供应短缺给渔民和海产品加工商都带来了重大困难。vwin彩票app因此,有必要探索未充分利用的鱼类品种的潜力,无论是作为鱼片或部分,还是作为附加值产品。阿什敦食品研究中心(AFRC)目前的项目解决了一些未充分利用的vwin彩票app物种的这一问题,方法是:(a)真空真空法加工(使用美味的酱料),(b)腌制(盐和糖为基础的腌料),(c)冷冻冷冻和改性大气包装(MAP)的结合。对这些产品进行了一系列理化和感官测试,并确定了它们的货架寿命状况。
    • 为未被充分利用的鱼类物种增加价值

      费根,约翰;葛姆雷,罗南·t·;米切尔,米歇尔;唐尼,杰拉德Teagasc2006 - 02年
      鱼类配额收紧和传统鱼类供应短缺给渔民和海产品加工商都带来了重大困难。vwin彩票app因此,有必要探索未充分利用的鱼类品种的潜力,无论是作为鱼片或部分,还是作为附加值产品。阿什敦食品研究中心(AFRC)目前的项目解决了一些未充分利用的vwin彩票app物种的这一问题,方法是:(a)真空真空法加工(使用美味的酱料),(b)腌制(盐和糖为基础的腌料),(c)冷冻冷冻和改性大气包装(MAP)的结合。对这些产品进行了一系列理化和感官测试,并确定了它们的货架寿命状况。